Publicado no Encontro de Saberes 2015
Evento: XXIII Seminário de Iniciação Científica
Área: CIÊNCIAS DA VIDA
Subárea: Biologia Molecular
| Título |
| CONSTRUÇÃO DE ÁRVORE FILOGENÉTICA DE GENOMAS COMPLETOS COMO VETORES DE FREQUÊNCIA DE TRI-PEPTÍDEOS E ENTRADAS INTERPRO |
| Autores |
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Lucas Felipe Silva (Autor) Marcos Augusto dos Santos (Orientador) Braulio Roberto Gonçalves Marinho Couto (Orientador) |
| Resumo |
| A reconstrução evolutiva de organismos usando métodos filogenéticos tradicionais pode ser afetada por erros. Além disto, métodos de alinhamentos de sequências completas de genoma são impraticáveis, pois demandam um enorme esforço computacional. Neste contexto, a representação de proteínas como vetores no espaço multidimensional abre possibilidades em aplicação de métodos de Álgebra Linear para investigar tais relações. A presente pesquisa busca responder às seguintes questões: a) genomas analisados por métodos de Álgebra Linear, usando como representação vetorial a frequência de tripeptídeos e entradas de InterPro podem gerar relações filogenéticas válidas do ponto de vista biológico? b) comparado a métodos clássicos, de alinhamentos de sequências completas de genoma, como são os resultados usando Álgebra Linear, tanto do ponto de vista das árvores filogenéticas geradas, quanto do resulto computacional? Foram analisados genomas completos de 14 espécies de plantas modelos retiradas do banco de dados Uniprot. Na análise clássica as sequencias dos genomas foram testados nos programas: MEGA, ClustalW, Clustal Omega, MUSCLE, BioEdit, CLC Sequence. Na análise utilizando álgebra linear foi elaborada uma matriz com a presença (1) ou ausência (0) de entradas InterPro, e a partir disto, construído vetores para a representação dos genomas das espécies. Em outra representação, as sequências proteicas foram transformadas em vetores de frequências de tri-peptídeos e posteriormente realizada a filogenia através do software MATLAB (algoritmo de Needleman-Wunsch para alinhamento global). Utilizando-se o método clássico não foi possível gerar nenhum resultado válido, devido a problemas computacionais. Com o uso da Álgebra Linear foi possível construir árvores filogenéticas que apresentaram resultados similares, tanto quando os genomas completos foram representados por vetores de frequência de tri-peptídeos quanto como vetores de entradas do InterPro. |
